Una de las grandes aspiraciones de la iglesia adventista del oriente peruano, fue de contar con un centro de educación superior donde la juventud que egresa de los colegios adventistas pudiera seguir su formación, dentro de los principios de su fe y de un modelo de educación cristiana. La Universidad Peruana Unión recogió ese clamor e inició a una filial en Tarapoto. En esta ciudad confluyen muchos pueblos de la selva y, al ser el terreno amplio y estratégico, permite realizar actividades agrícolas e industriales.
El 01 de abril de 2005, el Consejo universitario de la UPeU, nombró al CPC Edwin Cisneros Gonzales, como director de la filial y al CPC Hermilio Brañez Zenteno, como gerente. Luego de un arduo proceso de admisión., inició las clases con 98 alumnos matriculados, distribuidos de la siguiente manera: Finanzas empresariales, 22 alumnos; Ingeniería Estadística e Informática, 16 alumnos y Marketing y Negocios Internacionales, 60 alumnos.
El 2007 se inició el año académico con 203 alumnos matriculados. Asimismo, se habilitó la residencia de damas con cuatro alumnas. La universidad comenzó a posicionarse como una de las mejores opciones para la juventud ávida de valores y conocimientos. A su vez, la Municipalidad de Morales envía un oficio, donde invita a la UPeU para participar en los desfiles y eventos culturales por su aniversario.
Son señales que indican la presencia valiosa de nuestra institución. El 2008 se apertura la nueva carrera de Psicología con 41 alumnos, y en total se matricularon 327 estudiantes. También empieza a funcionar el Instituto de Idiomas, con 44 alumnos matriculados en tres. En el Reglamento Académico de la universidad es requisito para la acreditación haber aprobado el ciclo básico de esta lengua. Ese año también, se incrementó a ocho el número de señoritas residentes y un varón interno. Gracias al compromiso de toda la familia unionista, se sembró una nueva iglesia en la localidad de Cuñumbuque, a 35 km. de Tarapoto.
En el año 2009 se matricularon 417 estudiantes. Este año la comunidad nororiental se sensibilizó por la presencia de una universidad saludable, claramente libre de tabaco. También se inauguró un pabellón con seis aulas y tres oficinas debidamente equipadas. La construcción del internado de varones y de viviendas para los docentes, siguen construyendo. En el plano de apoyo académico se realizó el seminario “HERRAMIENTAS EFECTIVAS DE INVESTIGACIÓN PARA EL ÉXITO ESTUDIANTIL” programada por la facultad de Ciencias Empresariales, y fue todo un éxito. Asimismo, la renovación de votos matrimoniales de todo el personal unionista, causó emotividad y consolidó los lazos conyugales.
